พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี เดิมเป็นโรงเก็บเรือรบและเรือพระที่นั่ง อยู่ในความดูแลของสำนักพระราชวังและกองทัพเรือ เมื่อเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 โรงเก็บเรือและเรือพระราชพิธี ถูกระเบิดได้รับความเสียหาย ในปี พ.ศ.2490 รัฐบาลจึงได้มอบหมายให้ กรมศิลปากร ทำการซ่อมแซมดูแลรักษาเรือพระราชพิธีที่ใช้ในกระบวนพยุหยาตราชลมารค  รวมทั้งเรืออื่นๆ ที่ใช้ในพระราชพิธี  ซึ่งล้วนแต่เป็นเรือที่มีประวัติความสำคัญมาแต่โบราณ  ซึ่งยังคงความสวยงามจากฝีมือช่างอันล้ำเลิศ และทรงคุณค่าในงานศิลปกรรม  ประการสำคัญ คือ ยังสามารถนำมาใช้ในการพระราชพิธีต่างๆ สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน  และเป็นเรือพระที่นั่งในพระมหากษัตริย์ไทยที่มีแห่งเดียวในโลก

ด้วยพื้นที่จำกัด ภายในพิพิธภัณฑ์ จึงจัดแสดงเรือพระราชพิธีได้เพียง 8  ลำ จากเรือพระราชพิธีในกระบวนพยุหยาตราชลมารค จำนวน 52  ลำ อาทิ

• เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9
• เรือพระที่นั่งสุพรรณหงษ์
• เรือพระที่นั่งอนันตนาคราช
• เรือพระที่นั่งเอนกชาติภุชชงค์   
• เรือรูปสัตว์ 6 ลำ นำไปฝากไว้ที่ท่าวาสุกรี 
• เรือดั้งและเรือแซง จำนวน 38  ลำ เก็บรักษาไว้ที่แผนกเรือพระราชพิธี  กองเรือเล็ก  กองทัพเรือ  

พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี มีจำนวน 2 อาคาร ได้แก่ 

• อาคารสำนักงาน
• อาคารจัดแสดงเรือพระราชพิธี  จัดแสดงโขนเรือนารายณ์ทรงสุบรรณเก่า ซึ่งเป็นต้นแบบเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9 และจัดแสดงสิ่งของเครื่องใช้ประกอบในพระราชพิธีชลมารค