โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ได้เริ่มดำเนินการครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2547 เพื่อเป็นอนุสรณ์รำลึกถึง "ศาสตราจารย์ ดร.สตางค์ มงคลสุข" คณบดีท่านแรกและผู้ก่อตั้งคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยได้ดำเนินการโครงการพร้อมกับการปรับปรุงห้องสมุดครั้งใหญ่ในปีเดียวกันนั้น หลังจากที่ห้องสมุดได้เปิดใช้งานมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2511 เป็นระยะเวลากว่า 36 ปี จึงมีสภาพที่ทรุดโทรมตามกาลเวลา พร้อมกันนี้เองจึงได้มีดำริริเริ่มจัดตั้งโครงการพิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ขึ้นมาเพื่อจุดประสงค์ดังกล่าวข้างต้น

พิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข จัดตั้งขึ้นบริเวณชั้น 3 ของตึกฟิสิกส์ ภายในบริเวณเดียวกับห้องสมุด มีพื้นที่ 30 ตารางเมตร ใช้สำหรับจัดแสดงนิทรรศการประวัติและผลงานของท่านอาจารย์สตางค์และคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จัดเก็บเอกสารสำคัญ จดหมายเหตุ วัตถุพิพิธภัณฑ์ ที่เกี่ยวข้องกับท่านอาจารย์สตางค์และประวัติศาสตร์ของคณะวิทยาศาสตร์ เพื่อใช้เป็นสถานที่ศึกษาหาความรู้ของนักศึกษา บุคลากรของคณะวิทยาศาสตร์ รวมถึงบุคคลทั่วไปที่สนใจ และเพื่อให้ประวัติศาสตร์เหล่านี้เป็นแบบอย่างให้อนุชนรุ่นหลังได้ระลึกถึงและปฏิบัติตาม

พิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2547 ด้วยเงินงบประมาณเริ่มต้น 310,000 บาท และเปิดแสดงอย่างเป็นทางการในวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 ซึ่งเป็นวันทำบุญครบรอบวันคล้ายวันเกิดปีที่ 89 ของท่านอาจารย์สตางค์ 

พ.ศ. 2548 ห้องสมุดสตางค์ มงคลสุข ได้ดำเนินการก่อสร้าง หอเกียรติยศนักวิทยาศาสตร์ดีเด่น บริเวณชั้นสองของห้องสมุด เพื่อจัดแสดงนิทรรศการเชิดชูเกียรติคณาจารย์ของคณะวิทยาสาสตร์ ผู้ได้รับรางวัลนักวิทยาศาสตร์ดีเด่น จากมูลนิธิส่งเสริมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในพระบรมราชูปถัมภ์ นับเป็นอีกหนึ่งสถานที่สำหรับบันทึกเกียรติประวัติอันภาคภูมิใจของคณะวิทยาศาสตร์

ต่อมาเมื่อมหาวิทยาลัยมีนโยบายในการส่งเสริมและพัฒนางานด้านจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ของมหาวิทยาลัยและส่วนงานต่างๆ ให้มีการบริหารจัดการอย่างเป็นระบบและมีประสิทธิภาพ ในการนี้มหาวิทยาลัยได้แจ้งมายังส่วนงานต่างๆ เพื่อให้ความสำคัญและร่วมส่งเสริมการพัฒนางานด้านจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ โดยให้มีการพัฒนาและประสานงานกับงานจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ หอสมุดและคลังความรู้มหาวิทยาลัยมหิดล และโครงการอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง ด้วยเหตุนี้ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จึงได้ปรับเปลี่ยนสถานะ พิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ให้เป็น หน่วยจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ทำหน้าที่ดำเนินงานด้านจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ และเป็นหน่วยงานกลางประสานงานกับงานจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ หอสมุดและคลังความรู้มหาวิทยาลัยมหิดล คณะกรรมการและหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย

หน่วยจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จึงเริ่มดำเนินการอย่างเป็นทางการเมื่อ พ.ศ. 2558 ภายใต้ งานสารสนเทศและห้องสมุดสตางค์ มงคลสุข

ท่านที่สนใจสามารถสืบค้นวัตถุพิพิธภัณฑ์และโสตทัศนจดหมายเหตุเพิ่มเติมได้ที่ คลังความรู้จดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ คณะวิทยาศาสตร์ ได้ที่ https://wisdom.sc.mahidol.ac.th/archives