พิพิธภัณฑ์เรือไทย  ก่อตั้งโดยอาจารย์ไพฑูรย์ ขาวมาลา  เมื่อปี พ.ศ.2537 ด้วยจิตวิญญาณที่ผูกพันกับสายน้ำและเรือมาตั้งแต่วัยเด็ก อีกทั้งยังได้เป็นอาจารย์ผู้สอน วิชาออกแบบ เขียนแบบ และการต่อเรือ มาตลอดชีวิตที่รับราชการ ณ โรงเรียนช่างต่อเรือ (ปัจจุบัน คือ วิทยาลัยเทคโนโลยีและอุตสาหกรรมต่อเรือ)

ได้เล็งเห็นว่า ความเจริญก้าวหน้าทางด้านเทคโนโลยีการคมนาคมขนส่งของประเทศ จะทำให้การใช้เรือในอนาคตน่าจะน้อยลง  และไม้ที่ใช้เป็นวัสดุหลักในการต่อเรือจะหมดไป  อนุชนรุ่นหลังจะไม่รู้จักเรือไทยและเรือพื้นบ้าน  อ.ไพฑูรย์ฯ  จึงได้ก่อตั้งพิพิธภัณฑ์เรือไทยขึ้น ณ บ้านพักในยุคแรก เพื่ออนุรักษ์และเป็นแหล่งเรียนรู้เรื่อง  "เรือไทย"  ให้กับนักเรียน นักศึกษา ประชาชนผู้สนใจ ทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติ

โดยอาจารย์ได้เสียสละเงินบำนาญและเงินที่ได้จากการขายที่นา 2 ไร่ ในจังหวัดปทุมธานี มาก่อสร้างเพิ่มเติมให้เป็นพิพิธภัณฑ์เรือไทย  นอกจากนี้  ยังได้เขียนหนังสือ “เรือไทย” ขึ้น  1  ชุด จำนวน 4 เล่ม เพื่อการศึกษาเรียนรู้เกี่ยวกับเรือไทยประเภทต่างๆ ตามวัตถุประสงค์ที่จะให้พิพิธภัณฑ์เรือไทย เป็น “แหล่งเรียนรู้เรื่องเรือไทย” “The Center for Thai Boat Knowledge” อย่างแท้จริง

พิพิธภัณฑ์เรือไทย ประกอบด้วยส่วนจัดแสดง 3 ส่วน คือ

ส่วนที่หนึ่ง อาคารเรือโบราณ จัดแสดงเรือโบราณ ซึ่งเคยใช้งานจริงในอดีต บางลำมีอายุกว่าร้อยปี เช่น เรือชะล่า ไม้สัก ยาว 8.5 เมตร เรือมาดประทุน เรือมาดเก๋ง ขุดจากไม้ตะเคียนทั้งต้น เรือหมู เรือพายม้า เรือขุดที่มีความอ่อนช้อย สวยงาม เรือบดเกล็ด ซึ่งเป็นเรือที่เป็นของรางวัลที่หนึ่งจากงานประจำปีของอยุธยาในอดีต เรือโปงตาล ซึ่งขุดมาจากต้นตาลทั้งต้น

ส่วนที่สอง อาคารทรงไทย ทำด้วยไม้สักทอง จัดแสดงเรือจำลองประเภทต่างๆ จากฝีมือของ อ.ไพฑูรย์ ได้แก่ เรือพระราชพิธีจำลอง เช่น เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณรัชกาลที่๙ เรือพระที่นั่งอนันตนาคราช เป็นต้น เรือสำเภาประเภทต่างๆ เรือเมล์ เรือยนต์ และเรือพื้นบ้านจำลองของไทยทุกประเภท ตลอดจนเครื่องมือที่ใช้ในการต่อเรือในอดีต เช่น ขวาน ผึ่ง สว่าน โฉเฉ เลื่อยลันดา เลื่อยช้อน ซึ่งมิได้ใช้ไฟฟ้าแต่อย่างใด

ส่วนที่สาม บริเวณภายนอกอาคาร ซึ่งจัดแสดงเรือขนาดใหญ่ กลางแจ้ง เช่น เรือกระแชงต่อด้วยไม้สัก เป็นเรือซึ่งใช้บรรทุกข้าวเปลือก เรือเครื่องเทศ หรือเรือข้างกระดาน ซึ่งได้รับบริจาคมาจากครอบครัว “พุฒตาล” เป็นเรือซึ่งใช้ค้าขายเครื่องเทศ ของใช้ เครื่องครัวประเภทต่างๆ สำปั้นพายขายขนมไทย เรือเหล่านี้ได้รับการบูรณะ ซ่อมแซมให้คงอยู่ในสภาพเดิมเมื่อครั้งอดีต และพื้นที่สาธิตการทำเรือจำลอง ให้ผู้สนใจได้เยี่ยมชมอีกด้วย